Ученый совет Научно-исследовательского института экспериментальной патологии и терапии – это совещательный орган, рассматривающий все аспекты научно-исследовательской, научно-практической и предпринимательской деятельности, подготовки и расстановки научных кадров.
В состав Ученого совета входят: директор , его заместитель по научной работе, ученый секретарь, руководители различных научных подразделений, служб научной медицинской информации и патентоведения. В состав Ученого совета также могут включаться ведущие ученые и специалисты по профилю научной тематики НИИЭПиТ, в том числе не работающие в институте.
Устав ученого совета был утвержден в 1994 г.